A prática da formação se inicia na identificação das demandas de aprendizagem pelos diversos públicos externos e pela equipe interna do MCI. São então organizados momentos de trocas e aprofundamento de saberes através de seminários, palestras, debates, rodas de conversa, exibição de filmes, vivências, exposições e performances.
As atividades de formação voltadas para a equipe interna do museu visam à sensibilização quanto a algumas temáticas, bem como às trocas entre membros da equipe que cultivam diferentes saberes e qualificação técnica. Para o público externo, as atividades de formação objetivam o compartilhamento de informações e saberes, entre convidados indígenas e o público.