A iniciativa de criação do Museu das Culturas Indígenas (MCI) se materializou a partir do segundo semestre de 2021, impulsionado por mobilizações indígenas pelos direitos ao território e à educação diferenciada, que aconteceram paralelamente à projeção das artes indígenas no contexto artístico-cultural de São Paulo. No diálogo entre lideranças indígenas, gestores públicos e representantes do Instituto Maracá se concretizou a proposta de estruturação de uma unidade museológica estadual, que desde o início de seu planejamento e implantação contou com o protagonismo, participação e colaboração indígenas, através do Conselho Indígena Aty Mirim, cuja formação teve início em fevereiro e se concluiu em dezembro de 2022.