O processo de concepção das exposições de média e longa duração do Museu das Culturas Indígenas é desenvolvido de forma participativa, e protagonizado por indígenas de diferentes etnias a partir de suas organizações coletivas, desde a perspectiva autonarrativa.
O MCI conta com uma Comissão Curatorial formada por artistas indígenas de diversas etnias. As exposições temporárias visam estabelecer diálogos e o aprofundamento de questões abordadas na exposição de longa duração. As exposições itinerantes devem contemplar instituições museológicas indígenas e não-indígenas, bem como instituições culturais e espaços públicos.
A produção e montagem das exposições admitem a colaboração de pesquisadores e profissionais indigenistas e o apoio de consultores especialistas em diversas áreas.
